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在进行类器官培养前，我们需要了解该器官在体内的发育过程，及早期发育相关的信号通路。以胃类器官培养为例：胃由前后肠发育而来，早期发育需要由多种信号通路共同调控。那么在体外我们需要通过添加细胞因子的方式，指导激活/抑制相应的信号通路，来达到相同的效果，如：PSCs在Activin A的作用下分化为内胚层，Wnt3a、FGF-4和Noggin指导细胞向向前肠分化。